Catedrático Emérito de Historia Moderna de la Universidad de Alcalá. Ha sido Presidente de la Fundación de Historia Moderna de España, Director del Centro Internacional de Estudios Sefardíes y Andalusíes y Vicerrector de Postrado de la Universidad de Alcalá. Ha sido profesor invitado de diversas universidades de Europa, Iberoamérica, Estados Unidos, Marruecos e Israel. El profesor Contreras es un reconocido experto en la historia de la cultura religiosa, el Tribunal de la Inquisición y las minorías etnico-religiosas.
Desde hace un tiempo su investigación se ha orientado, también, al análisis histórico de los procesos de secularización, a los efectos importantes de las corrientes migratorias y al estudios de los discursos “ideológicos” de los movimientos insurgentes de América Latina.
Entre sus publicaciones más importantes caben destacar: El Santo Oficio de la Inquisición en Galicia: 1560-1700: poder, sociedad y cultura, Akal, Madrid, 1982. Sotos contra Riquelmes: Regidores, inquisidores y criptojudíos. Mario Muchnik, 1992. Carlos II el Hechizado. Poder y melacolía de Corte. Temas de hoy. Madrid. 2003. Familia, Religión y negocio. El sefardismo en el mundo ibérico. Fundación Carlos de Amberes. Madrid. 2003.
Obras colectivas: Family and patronage: The judeo-converso minority in Spain” en M.E. Perry y A.J. Cruz (Ed.) Cultural enconters: the Impact of the Inquisition in Spain and the New World. (University of California Press, Berkeley,1991). De Inmigrante a ciudadano (Coeditado con R.M. Martínez de Codes) Editorial Aldebaran, Cuenca, 2009. A. Fernández Alba y J. Contreras, Helada Negra. Historia y noticia de la restauración del Palacio Ducal de Pastrana. Ed. Lampreave, Madrid, 2013; J. Contreras y R.M. Martínez de Codes, Trends of Secularism in a Pluralistic World, Ed. Iberoamericana, Madrid, 2013.